Notre histoire
Héritière du mouvement de la Réforme, l’Église protestante de Genève (EPG) est présente dans la Cité depuis plusieurs siècles. Elle a été fondée suite à l’adoption de la Réforme protestante à Genève, le 21 mai 1536.

Genève adopte la Réforme
Au XVIe siècle, Genève est une ville d’Empire est entourée par les terres du duc de Savoie, dont le souverain local — un prince-évêque — est étroitement lié aux intérêts savoyards. La ville entreprend son émancipation politique dans les années 1520, en concluant un traité de combourgeoisie en 1526 avec Fribourg et Berne. Forgé contre la volonté du duc de Savoie et malgré la résistance de l’évêque Pierre de La Baume, ce traité constitue une étape décisive vers l’indépendance de Genève, en lui garantissant le soutien militaire et diplomatique des deux cantons suisses.
À la même époque, les idées de la Réforme commencent à pénétrer la cité, portées notamment par les prédications des réformateurs Guillaume Farel, Antoine Froment et Pierre Viret. Soutenus par Berne, ils gagnent progressivement les Genevois à la foi nouvelle. La messe est abolie le 10 août 1535 et la Réforme officiellement adoptée le 21 mai 1536 pour le Conseil général.
La même année, Jean Calvin, juriste et humaniste français de vingt-six ans, de passage à Genève en route pour Strasbourg, est retenu par Guillaume Farel pour organiser la Réforme et mettre en place les institutions permettant à la cité de vivre selon ses principes.
Les débuts sont difficiles : Calvin et Farel s’opposent au Conseil de ville sur la question de la discipline ecclésiastique, et sont expulsés de la cité en 1538. Calvin se réfugie à Strasbourg, où il exerce comme pasteur auprès de la communauté des réfugiés français. Il revient néanmoins à Genève quelques années plus tard, en 1541, à l’invitation des autorités qui souhaitent désormais son retour. Il fait adopter les Ordonnances ecclésiastiques, qui fondent juridiquement l’Église réformée de Genève et instaurent le Consistoire — tribunal composé de pasteurs et de laïcs chargé de veiller à la discipline morale et religieuse. Ces institutions constitueront le cadre de l’Église genevoise pour toute la durée de l’Ancien Régime.
Genève, centre de la chrétienté occidentale
La réputation de Genève comme refuge protestant attire un flux considérable de réfugiés venus de toute l’Europe, fuyant les persécutions religieuses — notamment de France, d’Angleterre et des Pays-Bas. La population de la ville double entre 1545 et 1560. Cette immigration confère à Genève une impulsion culturelle et intellectuelle extraordinaire, qui lui vaut le titre de « Rome protestante ».
En 1559, Calvin fonde l’Académie de Genève , centre d’enseignement supérieur protestant pour la théologie, les lettres et le droit, dont le premier recteur est Théodore de Bèze. L’Académie bénéficie d’un rayonnement à l’échelle européenne : de nombreux étudiants issus des pays touchés par la Réforme venant s’y former. À la mort de Calvin, le 27 mai 1564, Théodore de Bèze lui succède à la tête de la Compagnie des pasteurs et demeure pendant quarante ans la figure dominante du protestantisme genevois et européen.

Voltaire, Rousseau : les Lumières contre l’esprit des religions
Au XVIIIe siècle, les grandes figures des Lumières remettent en question le rôle de la religion dans la société. Jean-Jacques Rousseau, né à Genève, et Voltaire, qui s’installe aux portes de la ville, entretiennent une relation ambivalente et souvent conflictuelle avec l’institution ecclésiastique genevoise. Malgré ce contexte de sécularisation croissante, la Constitution de 1794 — issue de la révolution de 1792 et de la fin de l’Ancien Régime en 1793 — réserve encore la citoyenneté aux seuls protestants.
La Restauration et le rétablissement du culte catholique
Occupée par la France en 1798, Genève voit alors le rétablissement du culte catholique romain. La Restauration et l’entrée dans la Confédération en 1815, accompagnées du rattachement de communes sardes et françaises à majorité catholique (les « communes réunies »), font de Genève l’un des rares cantons suisses confessionnellement mixtes au XIXe siècle.
En 1846, la révolution radicale transforme les structures de l’Église protestante en accordant une plus grande place aux laïques dans sa direction. En 1873, le gouvernement radical d’Antoine Carteret « nationalise » le catholicisme romain en créant l’Église catholique chrétienne — une Église de structure démocratique, distincte de Rome — et expulse le curé Gaspard Mermillod, qui souhaitait rétablir un évêché à Genèv.

La séparation de l’Église et de l’État
À la fin du XIXe et début du XXe siècles, les tensions issues du Kulturkampf — le conflit entre l’État prussien et l’Église catholique dans les années 1870, dont les répercussions se font sentir en Suisse — engendrent de nombreux conflits confessionnels à Genève. Pour y mettre fin, le Grand Conseil vote en 1907 la suppression du budget des cultes.

Jusqu’alors, l’État subventionnait l’Église nationale protestante et l’Église catholique chrétienne, mais non l’Église catholique romaine, pourtant la plus nombreuse. Cette séparation de l’Église et de l’État consacre le caractère laïc du canton.
Elle marque aussi l’aboutissement d’une longue transformation interne : de 1842 à 1903, l’Église genevoise avait progressivement redistribué le pouvoir entre le clergé et les laïques, au profit de ces derniers — posant ainsi les bases de l’Église protestante telle qu’elle existe aujourd’hui.